在大学士、九卿等审结此案的报告中说，“以上各款，恶迹如山，罪难悉述。甲三身为本朝臣子，而事事敢于讥讪，深受君父之厚恩，而念念期于诋诅，处心积虑，大逆不道，实为臣民所共愤，天地所不容。擢发难数，万死奚辞。”
奏报到了御前，皇帝仍是存着几分宽恕之念，他知道，这些供词十成中的九成都是断章取义，捕风捉影而来，如其中一段，是认为袁甲三在任职两江学政的时候，所出的乡试考题，非所适宜的罪行。
清代的乡试，要考三场，第一场考四书（三题）和五经（每一经各四题，士子各占一经）；第二场考论（一道）、判（五道）、表（一道）；第三场考经史时务策（五道）。在当年袁甲三所出的考题中，九卿认为有问题的是下面几道题。
其一是四书首题，‘君子不以言举人，不以言废人’，陈孚恩等人认为，夫尧舜之世，敷奏以言，取人之道，即不外乎此也、况现在以制科取士，非以言举人乎？袁甲三以此命题，显与国家取士之道大相悖谬。
其二，四书三题，‘山径之蹊间，介然用之而为路，为间不用则茅塞之矣’。审案的官员认为，出这样的题目，‘更不知其何所指、何所为也’。
其三，三场策论题内有‘君犹腹心、臣犹股肱’之语。众人认为，‘夫古人谓君犹元首，而股肱、腹心皆指臣下而言，今策问内不称元首，是不知有君上之尊矣！’
凡此种种，都可以作为学术而非政治层面的内涵来考量的，而且，袁甲三秉性刚直不阿，任职台垣，也很是得罪了一些人，这些人于他有报复之心，这一次不过是时逢其便罢了。所以，他一边看着奏稿，心中一边盘算，倒要如何开解了袁甲三的死罪才是？总不好让这样一个人，就为了说错几句话，写错了几篇文字，而落得掉脑袋的下场吧？
内阁、九卿、六部并军机处的人惴惴矜矜的跪在那里，皇帝不说话，没有一个人敢先一步出声。皇帝放下奏稿，抬头向下看看，“就是这些了吗？没有旁的了吗？”
“回皇上话，有的。”陈孚恩第一个碰头答说，“臣奉旨查抄袁甲三府邸，从该员书房中翻出多年所记日记一本。内中多有狂妄之词，臣略加整理，恭请皇上御览。”
“呈上来。”把袁甲三的日记呈上案头，皇帝看了几眼，清秀的面庞一瞬间变得雪白！
在自己的日记中，提及咸丰二年，随皇帝扈驾热河行宫，司职南书房侍读学士的时候，袁甲三提及了一件事，“十二月二十八日申时二刻，康慈皇太后生遐。摘缨成服，灵前哭祭。皇上几番昏厥，孝心感天动地，臣等无不垂泪。然其时惊闻，有内侍于皇太后生遐之日，进美以献！”
只是这一句话，便彻底的激怒了皇帝，他把手中的奏稿团成一团，用力抛下丹陛，“混账！你们……都是混账！”
陈孚恩不惊反喜！皇帝如此动怒，则袁甲三一条老命必不可保！心中想着，却丝毫不露，连连碰头，口中请罪，“臣等糊涂，臣等糊涂。”
“这样的文字，你们也敢如实记述，上呈朕躬？你们妄自以读书人自称……”皇帝恨得面色青白，错齿有声的痛骂不绝！他说，“圣人当年也有‘丘也性，苟有过，人必知之’的话，想不到，袁甲三自负道学君子，暗室欺心，居然如此诋毁君父！”
肃顺听得懵懵懂懂，其他人却是懂得的，这是《论语》中的话，说的是有一个叫陈司败的人问孔子‘昭王懂礼吗’？答曰‘懂礼’。孔子走后，陈司败又问巫马期（这是孔子的一个学生），‘如今说君子不偏袒，这话是不是不对？昭王在吴国娶了一个同姓的女子（古代的观点，同姓不婚），这怎么不叫失礼呢’？
巫马期回说孔子，孔子说，‘我真幸运，我有了错，别人一定会知道’。
按照朱熹的《四书章句集注》的解说，这句话是孔子不可自谓讳君之恶，又不可以娶同姓为知礼，所以故意受过而不辞。皇帝这时候说这样的话，很显然是在以古比今，大骂袁甲三探究宫闱密屑的伪君子，真小人的本色。不过陈孚恩心里明白，嘴上不能解说，只好给肃顺一个眼色，示意他稍安勿躁。
奏报到了御前，皇帝仍是存着几分宽恕之念，他知道，这些供词十成中的九成都是断章取义，捕风捉影而来，如其中一段，是认为袁甲三在任职两江学政的时候，所出的乡试考题，非所适宜的罪行。
清代的乡试，要考三场，第一场考四书（三题）和五经（每一经各四题，士子各占一经）；第二场考论（一道）、判（五道）、表（一道）；第三场考经史时务策（五道）。在当年袁甲三所出的考题中，九卿认为有问题的是下面几道题。
其一是四书首题，‘君子不以言举人，不以言废人’，陈孚恩等人认为，夫尧舜之世，敷奏以言，取人之道，即不外乎此也、况现在以制科取士，非以言举人乎？袁甲三以此命题，显与国家取士之道大相悖谬。
其二，四书三题，‘山径之蹊间，介然用之而为路，为间不用则茅塞之矣’。审案的官员认为，出这样的题目，‘更不知其何所指、何所为也’。
其三，三场策论题内有‘君犹腹心、臣犹股肱’之语。众人认为，‘夫古人谓君犹元首，而股肱、腹心皆指臣下而言，今策问内不称元首，是不知有君上之尊矣！’
凡此种种，都可以作为学术而非政治层面的内涵来考量的，而且，袁甲三秉性刚直不阿，任职台垣，也很是得罪了一些人，这些人于他有报复之心，这一次不过是时逢其便罢了。所以，他一边看着奏稿，心中一边盘算，倒要如何开解了袁甲三的死罪才是？总不好让这样一个人，就为了说错几句话，写错了几篇文字，而落得掉脑袋的下场吧？
内阁、九卿、六部并军机处的人惴惴矜矜的跪在那里，皇帝不说话，没有一个人敢先一步出声。皇帝放下奏稿，抬头向下看看，“就是这些了吗？没有旁的了吗？”
“回皇上话，有的。”陈孚恩第一个碰头答说，“臣奉旨查抄袁甲三府邸，从该员书房中翻出多年所记日记一本。内中多有狂妄之词，臣略加整理，恭请皇上御览。”
“呈上来。”把袁甲三的日记呈上案头，皇帝看了几眼，清秀的面庞一瞬间变得雪白！
在自己的日记中，提及咸丰二年，随皇帝扈驾热河行宫，司职南书房侍读学士的时候，袁甲三提及了一件事，“十二月二十八日申时二刻，康慈皇太后生遐。摘缨成服，灵前哭祭。皇上几番昏厥，孝心感天动地，臣等无不垂泪。然其时惊闻，有内侍于皇太后生遐之日，进美以献！”
只是这一句话，便彻底的激怒了皇帝，他把手中的奏稿团成一团，用力抛下丹陛，“混账！你们……都是混账！”
陈孚恩不惊反喜！皇帝如此动怒，则袁甲三一条老命必不可保！心中想着，却丝毫不露，连连碰头，口中请罪，“臣等糊涂，臣等糊涂。”
“这样的文字，你们也敢如实记述，上呈朕躬？你们妄自以读书人自称……”皇帝恨得面色青白，错齿有声的痛骂不绝！他说，“圣人当年也有‘丘也性，苟有过，人必知之’的话，想不到，袁甲三自负道学君子，暗室欺心，居然如此诋毁君父！”
肃顺听得懵懵懂懂，其他人却是懂得的，这是《论语》中的话，说的是有一个叫陈司败的人问孔子‘昭王懂礼吗’？答曰‘懂礼’。孔子走后，陈司败又问巫马期（这是孔子的一个学生），‘如今说君子不偏袒，这话是不是不对？昭王在吴国娶了一个同姓的女子（古代的观点，同姓不婚），这怎么不叫失礼呢’？
巫马期回说孔子，孔子说，‘我真幸运，我有了错，别人一定会知道’。
按照朱熹的《四书章句集注》的解说，这句话是孔子不可自谓讳君之恶，又不可以娶同姓为知礼，所以故意受过而不辞。皇帝这时候说这样的话，很显然是在以古比今，大骂袁甲三探究宫闱密屑的伪君子，真小人的本色。不过陈孚恩心里明白，嘴上不能解说，只好给肃顺一个眼色，示意他稍安勿躁。